در ١٠ ژوئن ١٩٦٣، رژیم حمله خود را به کردستان از سر گرفت و تمام نیروهای مسلح خود را به میدان‌های جنگ گسیل داشت. همچنین رژیم در این حملات از حمایت قدرت‌های منطقه‌ای بهره‌مند شد، به طوری که به نیروی هوایی ترکیه و ایران که عضو پیمان سنتو بودند اجازه داده شد از مرزهای عراق عبور کرده و مواضع پیشمرگه را بمباران کنند؛ ارتش سوریه نیز از راه زمینی وارد خاک عراق شد و از منطقه بهدینان به ارتش عراق کمک کرد. از سوی دیگر قدرت‌های بین‌المللی مانند اتحاد جماهیر شوروی و بریتانیا نیز کمک به ارتش عراق را آغاز کردند.
ارتش کردستان برای دفاع از خود جبهه‌های متعددی گشود و در برابر حملات ایستادگی کرد. در آن دوره، ژنرال مصطفی بارزانی چندین نامه به دفتر سیاسی پارتی فرستاد و در آن‌ها از ابراهیم احمد، دبیر کل حزب و دفتر سیاسی خواست تا حملاتی را به ارتش در مناطق خود آغاز کنند. اما دفتر سیاسی و به ویژه ابراهیم احمد به این درخواست پاسخ ندادند و حتی فرماندهانی را که بدون اجازه آن‌ها به نیروهای دولتی حمله می‌کردند، منع کردند. این اقدامات باعث ایجاد سردی در روابط میان ژنرال مصطفی بارزانی و ابراهیم احمد شد.
در ١٨ نوامبر ١٩٦٣، ارتش طی یک کودتا حکومت بعث را سرنگون کرد. در پی این کودتا، عبدالسلام عارف قدرت را به دست گرفت و فوراً رهبری انقلاب را به مذاکره دعوت کرد. در دسامبر ١٩٦٣، پس از رایزنی ژنرال بارزانی با دفتر سیاسی، مذاکرات آغاز شد و سرهنگ عبدالرزاق محمود، فرماندار سلیمانیه به عنوان نماینده دولت به رانیه آمد و با ژنرال مصطفی بارزانی و جلال طالبانی و نوری شاویس، دو عضو دفتر سیاسی دیدار کرد. نتیجه این مذاکرات توافقی میان دو طرف بود و دولت بیانیه توافق را در ١٠ فوریه ١٩٦٤ صادر کرد که در آن آمده بود: (دولت حقوق ملی کردها را به رسمیت می‌شناسد).
در ١٧ فوریه ١٩٦٤، ابراهیم احمد، عزیز شمسینی و عمر مصطفی دَبابه به (سنگسر) رسیدند و با ژنرال بارزانی دیدار کردند که نتیجه آن موافقت همه طرف‌ها با توافقنامه ١٠ فوریه بود. پس از یک هفته اقامت در سنگسر، ابراهیم احمد و همراهانش به شهر ماوت بازگشتند و در آنجا بار دیگر مخالفت خود را آغاز کردند. این امر موجب شد تعداد زیادی از فرماندهان و پیشمرگه‌ها ماوت را ترک کرده و نزد ژنرال بارزانی در سنگسر بروند و او را از طرح دفتر سیاسی مطلع سازند. پس از رسیدن فرماندهان پیشمرگه، ژنرال بارزانی با آنان تشکیل جلسه داد و پس از رایزنی تصمیم گرفت تمامی فرماندهانی را که از دفتر سیاسی پیروی کرده بودند برکنار کرده و فرماندهان مورد اعتماد دیگری را جایگزین آنان کند. فرماندهان برکنار شده عبارت بودند از: جلال طالبانی، عمر مصطفی دبابه، علی عسکری و کمال مفتی. در پاسخ، ابراهیم احمد و دفتر سیاسی کنفرانس ماوت را در ٩ آوریل ١٩٦٤ برگزار کردند و تصمیم به تعلیق عضویت ژنرال مصطفی بارزانی از ریاست حزب گرفتند.
در پی تعلیق عضویت ژنرال مصطفی بارزانی، نیروهای پیشمرگه به دو جبهه تقسیم شدند. به منظور حفظ یکپارچگی حزب دموکرات کردستان، کمیته عالی نظارت و بازرسی پیشنهاد برگزاری کنگره ششم حزب را مطرح کرد. برای این منظور، کمیته از ماوت (مقر دفتر سیاسی) و سنگسر (مقر بارزانی) بازدید کرد؛ در نتیجه، ژنرال مصطفی بارزانی با برگزاری کنگره موافقت کرد، اما دفتر سیاسی با برگزاری آن موافق نبود.
برگزاری کنگرهکنگره در دوره زمانی میان ١ تا ٧ ژوئیه ١٩٦٤ در شهر قلعه‌دزه با حضور ٦٣٩ نماینده برگزار شد. از آغاز کنگره در ١ ژوئیه، به دستور ژنرال مصطفی بارزانی هیئتی متشکل از دوازده نماینده کنگره از ماوت بازدید کردند تا از گروه حاضر در ماوت دعوت کنند در کنگره شرکت کرده و مشکلات خود را در آنجا مطرح نمایند. این هیئت متشکل بود از: اسماعیل ملا عزیز، علی هزار، مجید اتروشی، احمد اتروشی، فاتح محمد امین، جلال محمود و...، اما آن‌ها از شرکت در کنگره خودداری کردند. هرچند آغاز کنگره چند روز به تأخیر افتاد، اما کار خود را از سر گرفت و چندین تصمیم مهم اتخاذ کرد که برجسته‌ترین آن‌ها عبارت بودند از: تشکیل شورای فرماندهی انقلاب، رد تصمیمات کنفرانس ماوت، و اخراج چهارده عضو که عبارت بودند از: ابراهیم احمد، نوری شاویس، عمر مصطفی دبابه، سید عزیز سید عبدالله شمسینی، جلال طالبانی، علی حمدی، عبدالرحمن ذبیحی، علی عسکری، احمد عبدالله، حلمی علی شریف، محمد حاج طاهر، ملا عبدالله اسماعیل (ملا ماطور)، نوری احمد طه و علی عبدالله.
ژنرال مصطفی بارزانی با اتفاق آرا مجدداً به عنوان رهبر پارتی انتخاب شد و کمیته مرکزی جدیدی برگزیده شد که در میان آن‌ها (١٤) عضو مستقیماً توسط کنگره انتخاب شدند و سه تن دیگر نیز توسط رهبر برای عضویت در کادر رهبری نامزد گردیدند که عبارت بودند از: مصطفی قرداغی، محمد امین محمد علی و عمر شریف؛ نمایندگان کنگره اختیار انتخاب این اعضا را به رهبر واگذار کرده بودند.
کمیته مرکزی جدید متشکل بود از:
١- مصطفی بارزانی رئیس
٢- حبیب محمد کریم دبیر کل
٤- صالح یوسفی
٥- عزیز عقراوی
٦- دکتر فؤاد جلال
٧- یدالله فیلی
٨- علی قاسم سنجاری
١٠- اسماعیل عارف
١١- هاشم حسن عقراوی
١٢- اسماعیل ملا عزیز
١٣- شیخ محمد هرسین
١٤- مصطفی قرداغی
١٥- محمد امین محمد علی
١٦- عمر شریف
١٧- رمضان عقراوی
١٨- فاتح محمد امین
سپس کمیته مرکزی به ریاست مصطفی بارزانی، اعضای دفتر سیاسی و دبیر را انتخاب کرد که عبارت بودند از: حبیب محمد کریم به عنوان دبیر، دکتر محمود عثمان، مصطفی قرداغی، اسماعیل عارف غفور و هاشم عقراوی. همچنین کمیته عالی نظارت و بازرسی به طور مستقیم توسط نمایندگان کنگره انتخاب شد که عبارت بودند از: شوکت حاج علی، فارس کورمارکی، محمد ملا قادر، صبری بوتانی، ملا صالح حاجی و ملا حیدر محمد حسین.
همچنین کنگره رهبری جدیدی را انتخاب کرده و آیین‌نامه داخلی را به تصویب رساند.
منابع* مسعود بارزانی، بارزانی و جنبش آزادی‌خواهی کرد، ١٩٥٨-١٩٦١، جلد دوم، (٢٠١٢).
* صلاح الخرسان، جریان‌های سیاسی در کردستان عراق، خوانشی در پرونده‌های جنبش‌ها و احزاب کردی در عراق ١٩٤٦-٢٠٠١، (بیروت – چاپخانه البلاغ – ٢٠٠١م).
* حبیب محمد کریم، تاریخ حزب دموکرات کردستان - عراق (در ایستگاه‌های اصلی) ١٩٤٦ - ١٩٩٣، (دهوک – چاپخانه خبات – ١٩٩٨م).
* نزار خیلانی، اسعد خیلانی خاطرات خود را ورق می‌زند (اربیل – موسسه چاپ و نشر بدرخان - چاپخانه هیوی – ٢٠١٤م).
* عبدالستار طاهر شریف، نبرد با زندگی، خاطرات ١٩٧١-١٩٣٥، جلد اول، (کرکوک – چاپخانه آرابخا، ٢٠٠٥م).
* حسین محمد عزیز، پنج ساعت با (ابراهیم احمد)، (سلیمانیه، چاپخانه سیما، چاپ سوم، ٢٠٠٢م).
* شکیب عقراوی، سال‌های محنت در کردستان؛ مهم‌ترین رویدادهای سیاسی و نظامی در کردستان و عراق از ١٩٥٨ تا ١٩٨٠، چاپ دوم، (اربیل، چاپخانه مناره – ٢٠٠٧م).
* علی سنجاری، مسئله کرد و حزب بعث عربی در عراق، بخش سوم، (دهوک، چاپخانه خانی، ٢٠١٢م).